O módulo para emissão das NFSe (Notas Fiscais Eletrônicas de Serviço) do sistema NavCOM é totalmente integrado ao módulo de controle de Ordens de Serviço e ao sistema de Cobrança; quando da emissão da Nota Fiscal a partir da O.S., o sistema separa produtos (caso existam na O.S.) para a NFe e os serviços são gerados num Pedido para a emissão da NFSe; tudo acontece de forma transparente para o usuário.
Assim como a NFe, o sistema gera o RPC (Recibo Provisório de Serviço) encaminha e autoriza, gera o PDF para envio no e-mail, imprime (opcional) e envia no e-mail do destinatário.